A série de Fairy Tail gira em torno das aventuras dos personagens principais: Natsu Dragneel, Lucy Heartfilia, Gray Fullbuster, Erza Scarlet, Wendy Marvell, Happy e Charlie.
A história começa na cidade portuária Hargeon. Lucy Heartfilia é uma jovem maga de 17 anos que deseja evoluir e tornar-se uma grande maga. Para isso, ela terá que entrar para uma guilda para ganhar dinheiro, sobreviver e também aprimorar as suas habilidades. Ela chega até a cidade de Hargeon, onde Natsu Dragneel e Happy desembarcam para procurar Igneel, o dragão que criou Natsu, e que um dia, desapareceu repentinamente. Lucy, encontra Natsu e Happy ocasionalmente, após envolverem-se com o perigoso criminoso, Bora, que tenta transformar Lucy na sua escrava. Após salvar a maga, Natsu, que é integrante numa das mais famosas guildas, a Fairy Tail, convida a rapariga a juntar-se à guilda. Assim, Lucy ingressa na Fairy Tail, onde começa a viver todo tipo de missões perigosas junto com Natsu e Happy.
A história passa-se num universo conhecido como Mundo Mágico, uma terra onde a magia é usada em larga escala e os magos são muito bem sucedidos por a possuir. Para organizar e facilitar a vida dos magos, surgem as guildas, organizações controladas pelo Conselho que, por sua vez, são controladas pelo Governo. Uma guilda funciona como uma "agência de empregos temporários": um cliente encomenda um serviço e um mago aceita a tarefa, caso seja completada com sucesso, há uma recompensa que varia de acordo com o perigo e grau de dificuldade da "missão". Contudo, assim como existem guildas "pacíficas" como a Fairy Tail, também existem guildas das "trevas", de mercenários com fins e objetivos obscuros.